醫學倫理學教研室是2006年從法律與道德教研室獨立出來的，前身為德育教研室，成立于1983年，在上海中醫藥大學具有良好的傳承，原教研室主任樊民勝教授是國内醫學倫理學領域的知名專家，現任國家衛健委醫學倫理專家委員會副主任、上海市醫學倫理專家委員會主任委員。2003年，醫學倫理學教研室成立中醫倫理學碩士點，為全國首個中醫倫理學碩士點，迄今培養專業研究生15名；2014年，教研室與美國匹茲堡大學信息科學院成立“醫學倫理學聯合研究中心”，探索中外科研倫理聯合研究新模式；2018年，醫學倫理學教學團隊獲校級優秀教學團隊稱号；2019年，教研室獲上海市醫學倫理學學會年會學會工作突出貢獻單位獎和兩項優秀論壇獎。
醫學倫理學教研室現有教師三人，其中副高級職稱2人，講師1人，博士學位1人，碩士學位2人（其中1人博士在讀）；其中一人有國内訪學經曆（複旦大學哲學學院），一人有國外訪學經曆（美國匹茲堡大學）。多年來，教研室教師獲校“三八”紅旗手、校“三育人”先進個人、全國中醫藥院校優秀征文與教學競賽、全校英語教學競賽、上海市醫學倫理學年會征文優秀獎等多項獎項與榮譽；教研室教師分别擔任上海中醫藥大學醫學倫理會委員、上海中西醫結合倫理學會委員、以及上海仁濟醫院、國婦嬰醫院、兒童醫學中心、曙光醫院等倫理審查委員。
教研室現承擔全校十餘門課程，其中研究生課程2門（醫學哲學、科研倫理與學術道德），本科生課程10門（醫學倫理學、護理倫理學、生物倫理與學術道德、公共關系學、性醫學基礎、人際交往與溝通、性别倫理學、追尋幸福：西方倫理史視角、社會醫學、社會調查研究方法等），留學生中文課程1門（醫學倫理學），留學生英文課程4門（醫學倫理學、中國概況、醫患溝通技能培訓、人文社會實踐指導）。其中《醫學倫理學》課程在2015年獲校級重點課程建設項目，獲上海中醫藥大學的精品課程、特色課程。2005年和2021年，該課程又兩次榮獲“上海高校市級重點課程建設”項目。
此外，教研室共計承擔衛生部、上海市教委、上海市哲社、上海市學校德育等多項課題和上海市教委本科重點課程改革項目。主編、參編近十本規劃教材，公開發表學術論文四十餘篇。教研室教師始終堅持教學與科研實踐相結合，在理論教學中深入探索、推進學科理論研究，以課題方式切入科研實踐，以項目方式完成科研實踐，以科研新思維、新成果反哺教學，探索與實踐教學研究型大學的教學和科研工作。
